У другому сезоні пригоди Марко Поло продовжуються, оскільки він залишається на службі у хана Хубілая. У сезоні досліджуються постійні конфлікти між Монгольською імперією та її суперниками, а також внутрішня боротьба за владу і спадкоємність у ханській родині. Марко Поло доручають важливі дипломатичні місії та шпигунську роботу на тлі зростання напруженості.
Серіал також заглиблюється у стосунки та конфлікти між ключовими персонажами, серед яких хан Кублай, імператриця Чабі, Джингім (син і спадкоємець Кублая) та інші члени ханського найближчого оточення. Крім того, сезон знайомить з новими персонажами та регіонами, оскільки подорож Марко Поло приводить його до нових частин Азії.