Події серіалу "Алієніст" розгортаються в XIX столітті в Нью-Йорку. У міських нетрях відбулася низка жорстоких убивств, жертвами яких стали діти. Кожен новий злочин виявляється дедалі витонченішим, що поступово наводить слідчих на думку про ритуальний характер вбивці.
Комісар поліції і майбутній президент США Теодор Рузвельт (Брайан Джераті) вирішує самостійно взятися за затримання злочинця. Теодор вирушає на пошуки злочинця, зібравши групу професіоналів у криміналістиці, які раніше працювали з незвичними справами: фахівця з розумових патологій - психолога-алієніста Ласло Крайцлера (Даніель Брюль), репортера кримінальної хроніки газети "Таймс" Джона Мура (Люк Еванс), жінку-поліцейського Сару Говард (Дакота Фаннінг) та братів-детективів Айзексонових (Дуглас Сміт і Меттью Шир).