Події відбуваються в сучасному Сан-Франциско і розгортаються навколо таємничої появи в'язнів із сумнозвісної в'язниці Алькатрас, яка була закрита протягом десятиліть. 21 березня 1963 року всі в'язні та охоронці Алькатрасу безслідно зникли. У наш час, у 2012 році, ці зниклі особи раптово починають з'являтися в суспільстві, не постарішавши ні на день з моменту зникнення. Збирається оперативна група, щоб розслідувати цей загадковий феномен і вистежити в'язнів, які повернулися і відновили свою злочинну діяльність.
Заглиблюючись у таємницю, команда, яка складається з детектива Ребекки Медсен, історика доктора Дієго Сото та Емерсона Хаузера, урядового агента, який знає таємницю зникнень в'язнів Алькатрасу, викриває таємну урядову організацію, відому під назвою "63", яка несе відповідальність за зникнення в'язнів та їхнє подальше повернення. "63" володіють унікальними здібностями та силою, що робить їх небезпечними та непередбачуваними. Кожна серія розповідає про зусилля команди, спрямовані на те, щоб повернути цих в'язнів-втікачів і розкрити правду про їхнє зникнення.