Події розгортаються в організмі, зруйнованому шкідливими звичками, стресом і безліччю хвороб, і розповідають про еритроцити (AA2153) і лейкоцити (U-1196), які борються за виконання своїх обов'язків у ворожому середовищі. На відміну від оригінального серіалу, який показував організм у рівновазі, "Чорний код" змальовує похмуру картину наслідків нехтування власним здоров'ям. Клітини повинні протистояти суворим реаліям хронічних хвороб, інфекцій та дисфункції органів, спричинених такими факторами, як куріння, неправильне харчування та малорухливий спосіб життя.
Протягом усього серіалу Еритроцит і Лейкоцит стикаються з численними викликами і зустрічаються з різноманітними клітинами, що представляють різні органи і функції організму. Разом вони борються з труднощами, намагаючись зберегти крихку рівновагу організму в умовах непереборного стресу та постійних загроз.