Події розгортаються в постапокаліптичному Токіо, спустошеному ядерною катастрофою. Місто перетворилося на токсичну пустку, непридатну для життя. Серіал зосереджується на спеціальній рятувальній команді "Коппеліон" - генно-інженерних дівчатах з посиленими здібностями, які мають імунітет до радіації. Їхня місія - увійти в заражене місто і шукати тих, хто вижив і залишився там.
Ібара Нарусе, Аой Фукасаку та Таеко Номура, три члени команди "Коппеліон". Коли вони вирушають у зруйноване місто, то стикаються з різними викликами, зокрема з небезпечним середовищем, мутованими істотами та рештками міського населення.