До 2071 року, через приблизно 50 років після того, як через появу гіперпросторового шлюзу Земля стала майже незаселеною, людство колонізувало більшість планет і місяців у Сонячній системі. Через зростаючий рівень злочинності Поліція Сонячної системи легалізувала контракти з мисливцями за головами, яких усі називали ковбоями, для вистежування та упіймання злочинців в обмін на винагороду. Саме цим і займається команда корабля Бібоп: колишній найманець кримінального синдикату Червоний Дракон і першокласний пілот Спайк Шпігель, його напарник, колишній поліцейський і власник Бібопа Джет Блек, а також приєдналися до них шахрайка Фей Валентин, яка страждає від амнезії і пристрасті до азартних ігор, юна хакерка Ед Вонг і Ейн - генетично змінений коргі з людським інтелектом.
Джет втратив упевненість, яка дозволяла йому бути офіцером, і став цинічним у тому, що стосується суспільства та його перспектив. Фей в юності потрапила на Землі в аварію і пішла на кріозаморозку, щоб врятувати своє життя.
У Спайка є смертельний ворог - Вішіос із Червоного Дракона. Колись вони були напарниками і друзями, але Спайк закрутив роман із дівчиною Вішіоса Джулією і заради неї покинув Синдикат. Вішіос шантажував Джулію, щоб вона вбила відступника, але вона вважала за краще втекти. Спайк зімітував свою смерть, щоб обдурити Синдикат. Пізніше Джулія повернулася до Спайка. Дізнавшись про це, Вішіос, який очолив синдикат, відправляє за парочкою найманого вбивцю. Йому вдається вбити Джулію. Серце Спайка розбите, він мріє тільки про помсту. Спайк втратив кохану жінку, втратив надію і віру в майбутнє і був на межі летаргічного сну. Йому часто доводиться стикатися з наслідками свого минулого і нести за нього відповідальність.