У другому сезоні війна за Грааль загострюється, а ставки стають вищими, ніж будь-коли. Господарі та Слуги укладають непрості союзи та стикаються з власними внутрішніми конфліктами. Битва за Святий Грааль стає випробуванням не лише на міцність, але й на переконання та ідеали.
Загадковий маг Кірей Котоміне, який служить одним із Майстрів, відіграє центральну роль у конфлікті, оскільки його мотиви та дії стають дедалі загадковішими. Прагнення Кіріцугу Емія використати Грааль для створення більш справедливого світу досліджується далі, розкриваючи жертви, на які він готовий піти.