Юн Арікава, молодий інженер, який має хист до розгадування таємниць, та Мей Каміно, блискуча аспірантка, що вивчає надприродні явища. Розслідуючи дивні події, вони відкривають для себе існування "Сингулярної точки" - збігу різних часових ліній, що загрожує світові. Разом із командою експертів та за допомогою вдосконаленого штучного інтелекту Pero 2 Юн і Мей намагаються зрозуміти природу нових кайдзю та їхній зв'язок із "Сингулярною точкою".
По дорозі вони зустрічають різноманітних унікальних істот, розкривають стародавні пророцтва та заглиблюються в таємниці передових технологій. Герої стикаються з несподіваними викликами та розплутують складні змови навколо походження кайдзю та справжньої природи Сингулярної Точки. З появою Ґодзілли, що насувається як найбільша загроза, Юн і Мей повинні використати свої знання та винахідливість, щоб знайти спосіб врятувати людство від неминучого знищення.