У першому сезоні історія розгортається на борту величезного насіннєвого корабля "Сидонія", на якому перебувають останні залишки людства. Гауни довели людство до майже повного вимирання, і "Сідонія" - один з небагатьох притулків, що залишилися. Ті, що вижили, пристосувалися до життя в космосі і розробили передові технології для боротьби з гаунами, зокрема мехів, відомих як "Гарди".
Головний герой - Наґате Танікадзе, молодий чоловік, який жив в ізоляції і був навчений пілотувати "Гард". Коли він виходить з укриття, щоб допомогти захистити Сидонію, він стає важливою частиною останньої лінії оборони людства. Сезон розповідає про подорож Наґате, його тренування, налагодження зв'язків з іншими пілотами та втягування у війну проти Гауни, що триває. Він досліджує теми виживання, жертовності та стійкості людського духу.