Кубо не допустить, аби я став невидимкою

Головний герой цього аніме - тихий, сором'язливий і боязкий старшокласник Дзюнто Сіраїсі. У старшій школі Харугакіта він поводиться так, що його присутність завжди залишається непомітною і для однокласників, і для вчителів. Дзюнто часто порівнюють із персонажем-мобом із відеогри, тобто членом мафії, якому постійно доводиться ховатися і жити в тіні суспільства. Тим часом сім'я Дзюнто так не вважає, вони не знаходять його скромним і сором'язливим, а його мама завжди каже, що він схожий на свого батька.

Одного разу на Дзюнто звертає увагу першокурсниця старшої школи Харугакіта Нагіса Кубо - відмінниця і старанна учениця, одна з найкращих у навчальному закладі. Незважаючи на те, що головний герой нічим не примітний хлопець, Нагіса бачить у ньому щось особливе. Тим часом сім'я дівчини і вона сама, на відміну від інших, може нормально бачити Дзюнто, а не персонажем-мобом. З того моменту, як Кубо звернула на хлопця увагу, його життя кардинально зміниться. Дівчина не тільки спробує з ним потоваришувати, вона також піклуватиметься про нього і наважиться робити все, щоб виділити його і вивести з тіні, в якій він перебуває.

У міру того, як Нагіса і Дзюнто налагоджують стосунки, вони зближуються і поступово несвідомо закохуються одне в одного. Але оскільки у них обох немає романтичного досвіду в стосунках, вони не усвідомлюють справжньої природи своїх почуттів. Аніме розповідає про повсякденне життя цих двох закоханих, які не повинні були контактувати одне з одним, але подружилися завдяки інтересу Нагіси і почали проводити час разом разом у шкільному та особистому житті. За розвитком їхніх стосунків спостерігає та насолоджується їхньою реакцією старша сестра Нагіси Акіна Кубо, яка працює в книжковому магазині.