У другому сезоні з'являється новий елемент: Ліло та Стіч дізнаються про існування "капсул", які містять решту експериментів. Вони вирушають на місію, щоб знайти ці капсули та відновити експерименти, які в них містяться.
У серіалі також з'являються нові персонажі, зокрема Лінк, колега по генетичному експерименту, і доктор Жак фон Хемстервіл, колишній злий партнер Джумби, який прагне захопити експерименти для власних мерзенних цілей.