Події серіалу розгортаються в майбутньому, де генетично модифіковані люди, відомі як Координатори, конфліктують з немодифікованими людьми, відомими як Натурали. Історія розповідає про Кіру Ямато, Координатора і вимушеного пілота Гундама, потужного мобільного костюма. Коли спалахує війна між Земним Альянсом і космічною колонією ZAFT, Кіра та його друзі опиняються посередині. Серіал досліджує теми війни, упереджень і впливу технологій на суспільство, оскільки Кіра прагне захистити своїх друзів і знайти шлях до миру.