Події твору відбуваються не в реальному, а паралельному світі. На дворі середньовіччя. В Японії мешкає неймовірно багато різних духів. Здебільшого, вони просто рухаються країною і не становлять жодної загрози живим людям. Найчастіше примари просто страждають від того, що ніяк не можуть вплинути на свою долю. Але є і не звичайні духи. Існують злі привиди, які несуть у собі хаос і помсту. Їхня мета - це заподіяти якомога більше шкоди всім живим. По всій Японії мандрує незвичайний чоловік на ім'я Аптекар. Подорожуючи містами, головний герой продає лікарські засоби, які чудово допомагають. Але заробіток не є основним заняттям чоловіка.
Основною метою Аптекаря є так звані "мононоке". Так називають найнебезпечніших і найзліших духів, які змирилися з тим, що сталося, і вирішили заважати жити звичайним людям. Для вбивства привидів головний герой використовує особливий меч. Але одних ударів мечем недостатньо для вбивства. Щоразу Аптекарю необхідно проводити три етапи підготовки. Перший етап - "Форма". У цей час мисливець зобов'язаний підняти саму форму привида, тобто зробити його видимим. Другий етап - "Суть". У ньому Аптекар зобов'язаний отримати якомога більше інформації про минуле привида, коли той був людиною. Ну а третій і останній етап - "Причина". Це найскладніший етап, оскільки зрозуміти причини, через які дух блукає світом, досить важко.