Події починаються у 2015 році, коли людству загрожує поява сингулярності, що може призвести до вимирання людства. Щоб запобігти цьому, Організація безпеки Халдеї відправляє головного героя, мага, в минуле, в епоху війни за Святий Грааль. Після прибуття герой знайомиться з Меш Кірілайт, служницею класу Шилдер, яка стає їхнім вірним союзником. Разом з ним до них приєднуються інші могутні слуги, в тому числі слуга класу Шабля, Артурія Пендрагон.
Подорожуючи крізь різні часові періоди, вони зустрічаються з кількома іншими слугами, які спричиняють хаос і руйнування. Вони борються проти цих могутніх ворогів і дізнаються більше про справжню природу Війни за Святий Грааль та сингулярність, яка загрожує людству.