Історія розповідає про Сенді Рікса (Елайджа Вуд), підлітка, який неохоче проводить літо зі своїм дядьком Портером (Пол Гоґан) у прибережному містечку. Там він знайомиться з пустотливим і дуже розумним дельфіном на ім'я Фліппер. Між ними зав'язується дружба, і Сенді дізнається, що Фліпперу загрожує небезпека через нелегальну діяльність у цьому районі. Разом зі своїм дядьком Сенді вирушає на захист Фліппера та місцевих морських мешканців. Наповнений зворушливими моментами та екологічними темами, "Фліппер" досліджує дружбу між хлопчиком і дельфіном та важливість відстоювання того, що є правильним.