Брати Елрік пережили трагічну подію, коли спробували використати алхімію для воскресіння своєї померлої матері. Експеримент не вдався, в результаті чого Едвард втратив руку і ногу, а Альфонс - все тіло, а його душа вселилася в обладунок. Вирішивши відновити свої тіла, брати вирушають на пошуки філософського каменю - потужного алхімічного артефакту, який, за переказами, дарує безмежну силу.
Подорожуючи світом, сповненим політичних інтриг, надприродних істот і могутніх алхіміків, брати Елріки зустрічають друзів і ворогів, які допомагають або перешкоджають їхньому прогресу. Вони мусять зіткнутися зі своїм минулим, зустрітися з власними внутрішніми демонами і зробити складний вибір у пошуках спокути та розуміння.