У кожної дитини без винятку в житті бувають такі моменти, коли зникає бажання сидіти на місці, і хочеться вирушити куди-небудь, у справжню подорож, у світ, якого ти раніше не бачив. Хочеться знайти нових друзів, познайомитися з новим світом... Особливо це проявляється, коли ти тривалий час сидиш на одному місці й нічого, окрім своїх батьків і кімнати (якщо в тебе взагалі є така), не бачиш - прикро. Рибка Поньо - така сама дитина, якій не сидиться на місці. Хіба що живе на дні моря, і батьки у неї не звичайнісінькі - морська богиня і чаклун, теж морський.
Але її також тягне на пригоди. Саме тому одного разу вона відпливає з дому: просто щоб дізнатися, як і чим живуть люди. Ось тільки доля не дозволяє їй довго плавати: Поньо потрапляє в банку і застряє там. Вилізти дуже складно, тому вона сподівається лише на диво. Диво відбувається: Поньо виявляється викинутою на берег, де її знаходить п'ятирічний хлопчик. Він приносить рибку додому, і Поньо нарешті дізнається про життя людей буквально все, що тільки можливо. Це життя здається їй доволі цікавим, і тепер єдина мрія рибки полягає не в поверненні додому, а в перетворенні на людину...