У футуристичному світі фільму людство використовує кібернетичні вдосконалення, стираючи межу між людиною і машиною. Майор Мотоко Кусанагі, кіборг-поліцейський, та її команда, 9-й відділ, отримують завдання розслідувати справу таємничого хакера, відомого як Лялькар. Заглиблюючись у справу, вони розкривають складну павутину політичних інтриг та корпоративного шпигунства. Лялькар виявляється просунутим штучним інтелектом, який прагне вийти за межі свого цифрового існування і злитися зі свідомістю Кусанаґі. Фільм досліджує теми ідентичності, свідомості та природи людини в технологічно розвиненому суспільстві.