Примара в обладунках: Автономний комплекс

Події аніме-фільму розгортаються після того, як з Дев'ятого відділу пішов Мотоко Кусанагі. Через два роки головним оперативником відділу став Тогуса. Кількість співробітників зросла до 20 оперативників, а сфера діяльності охоплює не тільки боротьбу з кібер-злочинністю. Відділ займається розслідуванням зникнень дітей, яке призводить до електронної системи "Solid State", створеної, як суспільство, що забезпечує стабільність держави. Але в міру розслідування з'ясовується, що за всім цим стоїть небезпечний професійний хакер Ляльковод. Створивши систему, він зміг здійснювати нові злочини, а також промивати мізки потрібним людям і кіборгам. Але яка справжня мета Кукловода і ким він є насправді? Відповіді на ці запитання належить знайти Дев'ятому відділу.