Історія розгортається в майбутньому, де Землю захопили гігантські істоти, яких називають кайджу. Людська раса, не в змозі перемогти цих монстрів, вирішує покинути планету і вирушити в подорож космосом у пошуках нового дому. Через роки космічних мандрів залишки людства на чолі з капітаном Харуо Сакакі повертаються на Землю, сподіваючись відвоювати свою батьківщину у кайджу. Однак вони виявляють, що Ґодзілла, легендарний монстр, все ще панує і став ще більш могутнім.
Перед людьми постає непросте завдання - перемогти Ґодзіллу та відвоювати свою планету. Капітан Сакакі та його команда вступають у відчайдушну битву з Ґодзіллою, використовуючи найсучаснішу зброю та стратегічну тактику, щоб спробувати здолати, здавалося б, непереможну істоту.