Події починаються з того, що Бюро паранормальних досліджень і захисту (B.P.R.D.) доручає Хеллбою, Ліз Шерман і Ейбу Сапієну дослідити особняк з привидами в англійській сільській місцевості. Маєток, відомий як Гаргров Хаус, має темну історію, яка сягає 16-го століття. Коли Гелбой і його команда прибувають до Гаргров Хауса, вони зустрічають професора Тревора Бруттенголма, прийомного батька Гелбоя і відомого експерта з паранормальних явищ. Він пояснює, що в особняку мешкає привид Ержебет Ондрушко, також відомої як Кривава Королева, яка була могутнім вампіром і відьмою. Вона відповідальна за незліченні вбивства і навіть принесла в жертву власних дітей, щоб зберегти своє безсмертя.
Досліджуючи особняк, Хеллбой починає переживати дивні видіння та спогади про власне таємниче походження. Він знаходить потаємну кімнату, яка містить артефакти та документи, пов'язані з темним минулим Ержебет Ондрушко. Завдяки цим підказкам Хеллбой дізнається, що його власне існування якимось чином переплетене з Кривавою Королевою.