Події розгортаються в Німеччині 17-го століття і розповідають про Крабата, підлітка-сироту, який шукає притулок і мету в житті. Його приваблює загадковий водяний млин, яким таємно керує чаклун на ім'я Майстер. Крабату пропонують стати учнем на млині, не підозрюючи про темні сили, що діють у ньому. Вживаючись у нове життя, Крабат виявляє, що млин є прикриттям для чорної магії та пакту Майстра з дияволом.
Крабат разом з іншими учнями змушений вивчати мистецтво темного чаклунства, але незабаром він усвідомлює зловмисність намірів Майстра. Сповнений рішучості вирватися з цього зловісного світу, Крабат повинен знайти спосіб подолати контроль Майстра і захистити тих, хто йому дорогий.