Маленький хлопчик на ім'я Кубо живе зі своєю мамою в маленькому селі і розважає людей всілякими історіями та цікавими казками. Виявляється, головний герой має унікальний дар втілювати власну уяву в життя, перетворюючи вигадані казки на реальність. Кубо ніколи не бачив свого батька, але мати завжди розповідала про нього різні героїчні історії, намагаючись навчити сина любити обох батьків. І незабаром хлопчик дізнається, що його батько дійсно був сильним воїном, який боровся з могутніми темними силами і майже переміг. Але тепер старі духи знову вирвалися на волю, сповнені рішучості знищити Кубо до того, як він навчиться контролювати свій дар. Щоб врятувати свою єдину дитину від неминучої смерті, його мати жертвує собою і використовує магію, щоб відправити хлопчика подалі від села.
Там Кубо знайомиться з розмовляючою мавпочкою, яка супроводжує юного героя в небезпечній подорожі, адже перед смертю мати встигла розповісти йому про заховані обладунки батька, в яких міститься вся сила роду. Тож єдиний шанс врятувати власне життя і перемогти могутніх духів - знайти ці обладунки і стати справжнім самураєм. Тим часом темрява навколо головних героїв згущується все більше, і кожна наступна пригода може стати для них останньою.