Сюжет розповідає про двох дітей, Річарда (Брайан Краузе) та Ліллі (Мілла Йовович), які опинилися на тропічному острові після того, як їхній корабель затонув. Зростаючи в ізоляції, вони формують глибокий зв'язок і врешті-решт закохуються. На тлі викликів виживання, статевого дозрівання та розквіту їхніх почуттів фільм досліджує теми кохання, невинності та краси природного світу. "Повернення до Блакитної лагуни" є одночасно продовженням і переосмисленням фільму "Блакитна лагуна" 1980 року, що розповідає схожу історію про романтику та пригоди в тропічному раю.