Події розгортаються навколо молодого хлопця, який після вбивства батька бере собі ім'я "Снейк Айз" і потрапляє до боса якудзи Кента Такамури під час змагань у підпільному бійцівському клубі. Снейк Айз погоджується приєднатися до злочинної організації Кенти, пообіцявши допомогти знайти вбивцю свого батька.
Однак у підсумку він допомагає двоюрідному братові Кенти Томмі, який розповідає, що вони обидва стояли в черзі на те, щоб очолити клан Арашикаге, стародавнє товариство ніндзя. Вдячний Зміїному Оку, Томмі привозить його до свого родинного додзьо в Токіо, щоб пройти ініціацію. Снейк Айз проходить три випробування, щоб довести свою цінність.