Події розгортаються у майбутньому, де людство вичерпало ресурси Землі і шукає нові світи для колонізації. Коаліція Гайя, тоталітарний режим, залізною рукою править Землею та її колоніями. Серед цього деспотичного режиму капітан Гарлок, легендарний пірат, стає символом опору та бунту. Кінцева мета Харлока - звільнити Землю з-під контролю Коаліції Гайя і відновити її колишню славу. Разом зі своєю командою, до якої входять досвідчений боєць Кей Юкі, загадкова Яма та таємнича Міїме, Харлок бере участь у зухвалих рейдах та епічних космічних битвах проти сил Коаліції.
У міру розгортання сюжету фільм заглиблюється в складну передісторію Харлока, включаючи його зв'язок з Нібелунгів, могутньою і стародавньою інопланетною расою. Розкриваються таємниці, відбуваються зради, а рішучість Гарлока захищати людство і зберігати його свободу піддається випробуванню.