Ця частина знаменитої саги про черепашок-ніндзя заглиблюється у вічну історію цих дивовижних створінь, наділених надзвичайною силою та майстерністю бойових мистецтв. Народжені в результаті революційного генетичного експерименту, вони взяли на себе роль захисників людства від безжального Шреддера. Однак на шляху до виконання своєї місії їм спершу доведеться звернутися за порадою до шанованого майстра Сплінтеру. Під його мудрим керівництвом вони проходять суворі тренування, відточуючи свої бойові навички та опановуючи нові форми бойових мистецтв.
Пристосовуючись до свого підземного житла в лабіринтах каналізації галасливого мегаполісу, вони стикаються з міріадами супротивників і жахливих ворогів, кожен з яких керується єдиною амбіцією - захопити контроль над нашим світом. Черепашки-ніндзя повинні зустрітися з цими невблаганними супротивниками віч-на-віч, зібравши всю свою силу, спритність і командну роботу, щоб захистити людство від падіння в лапи темряви.