Події розгортаються з пророцтва про те, що один з гельфлінгів зцілить Темний кристал і відновить рівновагу на Трі. Налякані цим пророцтвом, Скекси винищують гельфлінгів, але один з них виживає. Джен, останнього відомого гельфлінга, виховують Містики. Коли найстарший Містик помирає, він розповідає Джену про своє призначення - вилікувати Темний Кристал.
Він повинен знайти уламок Кристала і возз'єднати його до того, як три сонця планети зійдуться, інакше Скекси будуть правити вічно. Під час своїх пошуків Джен зустрічає Кіру, ще одного вцілілого гельфлінга, та її домашнього улюбленця Фіззіґа. Разом вони мандрують до замку Скексісів, долаючи різноманітні випробування, і дізнаються більше про їхню історію та таємниці Фри.