Події фільму "Дружина доглядача зоопарку" розгортаються в 1930-х роках під час окупації Польщі Німеччиною у Варшавському зоопарку. Після початку Другої Світової війни спокійне життя головних героїв фільму "Дружина доглядача зоопарку" - Яна Жабінського (Йонах Гелденберг) і його дружини Антоніни (Джессіка Честейн) - різко закінчилося. Замість того, щоб піклуватися про тварин і тішити відвідувачів, подружжя стає учасниками польського підпілля і ховає в клітках загиблих тварин сотні євреїв і ще дюжину - у своєму будинку.
У жахливих умовах подружжю доводиться піклуватися про нещасних людей і про тварин, які дивом вижили, коли навколо лише один голод і смерть. Прийнявши під свій дах переслідуваних утікачів, Жабинські поставили під загрозу і власні життя.