Події починаються з черепашок, які знову зустрічаються зі своїм заклятим ворогом, Шреддером. Однак їхня битва набуває несподіваного повороту, коли вони випадково перетинаються з Черепашками з класичного мультсеріалу 1987 року. Коли дві групи Черепашок зустрічаються, вони усвідомлюють, що походять з різних вимірів, кожна зі своїми унікальними художніми стилями та індивідуальностями.
У той час як Черепашки 2003 року більш серйозні та суворі, Черепашки 1987 року відомі своїм безтурботним та комедійним підходом. Незабаром Черепашки дізнаються, що Шредер із серії 1987 року розробив план знищення всіх версій Черепашок у різних вимірах. Щоб зупинити його, Черепашки повинні об'єднатися і працювати разом, поєднуючи свої сильні сторони та стратегії.