Другий сезон продовжує історію андроїдів 2B та 9S, які борються проти машинних форм життя, що захопили Землю. Після подій першого сезону 2B змушений вбити 9S, але його дані дивом збереглися.
У новому сезоні 2B і 9S возз'єднуються, але їхня динаміка була безповоротно змінена діями 2B. Очікується, що сезон адаптує сюжетну лінію "Маршрут С" з оригінальної гри Nier: Automata, яка вважається однією з найвпливовіших і найтрагічніших.