Події розгортаються навколо Мадоки Канаме, учениці середньої школи, яка живе звичайним життям, доки не зустрічає таємничого студента-перекладача на ім'я Хомура Акемі та маленьку істоту, що розмовляє, на ім'я Кюбей. Кюбей пропонує дівчатам шанс виконати одне бажання в обмін на те, що вони стануть чарівницями і боротимуться проти злих істот, відомих як відьми.
Найкраща подруга Мадоки, Мамі Томоте, досвідчена чарівниця, знайомить її зі світом чарівниць і битвами, з якими вони стикаються. Однак, коли Мадока заглиблюється в цей магічний світ, вона відкриває для себе темні й трагічні наслідки того, що вона стала чарівницею. Серіал робить несподівані повороти, досліджуючи теми жертовності, відчаю та наслідків влади.