Сюжет розгортається одразу після подій першого сезону, коли головний герой Котару Теннодзі мандрує в різних часових лініях після катастрофічної події. Він опиняється у спустошеному місті Казамацурі, де його супроводжує Каґарі, який не може говорити. Котару прагне захистити Каґарі від загроз, що їх несе Свята Ґая, і мусить зібрати союзників для останнього протистояння заради порятунку людства.