У другому сезоні Кеншин Хімура, колишній найманий вбивця, що став мандрівником, стикається з новими викликами в Кіото. Після подій першого сезону Кеншин знову втягнутий у конфлікт, коли дізнається, що Макото Шішіо, могутня і безжальна фігура, яка перебрала на себе колишню роль «Тіньового Хітокірі», пережила смертельну сутичку і тепер збирає армію, щоб повалити уряд.
Коли напруга в Кіото зростає, Кеншин мусить протистояти як зовнішнім загрозам, так і власному минулому. Сезон досліджує його боротьбу між ідентичністю захисника та минулим убивці. Разом зі своїми друзями, серед яких Каору Камія, Саносуке Сагара та Яхіко Мьоджин, Кеншин вирушає в небезпечну подорож, щоб зупинити Шішіо і захистити тих, хто йому дорогий.