Події розгортаються в далекому майбутньому, де Земля перетворилася на забруднену і корумповану планету під контролем деспотичних урядів. У цьому похмурому й антиутопічному суспільстві людство розділене, а ресурси Землі експлуатуються могутніми можновладцями, що призводить до масових страждань і нерівності серед людей.
Капітан Харлок, - таємничий і загадковий космічний пірат, який командує сумнозвісним лінкором "Аркадія". Харлок - високий, красивий чоловік з пов'язкою на оці, відомий своєю благородною і лицарською поведінкою. Незважаючи на те, що він пірат, він бореться за свободу і справедливість, прагнучи захистити людство від корумпованих сил, які ним керують.