У другому сезоні пригоди "Ентерпрайзу" та його екіпажу продовжуються, коли вони стикаються з новими цивілізаціями, дивними явищами та моральними викликами. У сезоні досліджуються теми ідентичності, етики та наслідків передових технологій.
У другому сезоні також з'являються пам'ятні персонажі та види, такі як Хан Нуньєн Сінгх (у виконанні Рікардо Монтальбана) в епізоді "Космічне насіння" та пам'ятні Тріблз у "Проблемі з Тріблзом". Ромуланська та клінгонська сюжетні лінії продовжують розвиватися, а екіпаж стикається з численними небезпечними для життя ситуаціями.