Сезон розпочинається з повернення Нене та Коу до ролі помічників Ханако, коли нові надприродні загрози порушують баланс їхньої школи. Головним завданням стає розслідування загадкового явища, що впливає на учнів.
У Камоме Академії починають траплятися дивні випадки раптового старіння учнів. Нене разом із Ханако і Коу вирішує розкрити причини цих подій. Вони дізнаються про Трьох Хранителів Часу — духів, які можуть керувати часом, змушуючи вірити, що вони причетні до цього явища. Під час розслідування команда стикається з різними надприродними істотами, відкриваючи таємниці історії академії.
Напруга зростає, коли стає зрозуміло, що серед Семи Чудес академії може бути зрадник. Сезон також глибше розкриває минуле Ханако та зростання Нене, додаючи драматизму і напруги в історію.