У другому сезоні конфлікт між Людьми Ікс та Братством загострюється. Ставки зростають, а сюжетна лінія заглиблюється в більш складні питання, включаючи походження деяких здібностей мутантів. Важливою проблемою стає закон про реєстрацію мутантів, який зобов'язує їх реєструвати. Ми також бачимо появу нових персонажів, таких як Найткроулер і Спайк, а також повернення Росомахи. У сезоні представлені різні сюжетні арки, які поглиблюють розвиток персонажів і розкривають більше про їхнє минуле.