Прагнучи виховати наступне покоління для підтримки майбутнього нації, японський уряд заснував Токійську столичну школу поглибленого виховання, яка надає учням значний ступінь свободи для імітації реального життєвого досвіду. Наша історія розповідає про Кійотаку Аянокодзі, стриманого та високоінтелектуального учня класу "D", куди поміщають невстигаючих учнів. Спочатку він віддає перевагу усамітненню, але поступово втягується в павутину взаємодій та складнощів після зустрічі з однокласниками Сузуне Хорікіта та Кікьо Кушида, які руйнують його уявлення про ідеальне, звичайне життя старшокласників.