Другий сезон серіалу є екранізацією п'яти книжок: "Знущальний інтернат", "Липовий ліфт", "Бридке містечко", "Жахлива клініка" і "Кровожерливий карнавал".
Події перших двох серій другого сезону відбуваються в "Ізуверському інтернаті". Бодлери потрапляють у дивний навчальний заклад, де їм доводиться жити в убогій халупі, відвідувати безглузді заняття і слухати концерти бездарного завуча, який вважає себе геніальним скрипалем. Однак на трійцю чекає несподівана і приємна зустріч із сиротами Квегмайрами, які мають з Бодлерами багато спільного. Тим часом до школи прибуває незнайомець із таємним завданням, яке стосується Вайолет, Клауса і Сонечка, а також граф, який має намір дістатися до дітей.
Незважаючи на спроби Бодлерів викрити Олафа, йому вдається переконати оточуючих, що він не граф, а новий учитель фізкультури. Спеціально для Бодлерів він придумує виснажливі тренування, через які успішність трійці починає падати. На допомогу дітям приходить Жак, брат Лемоні Снікетта.