Після закінчення Другої світової війни в Японії з'явилося агентство, чия місія полягала в боротьбі з тероризмом і екстремізмом у Тихоокеанському регіоні, що вимагає професійного підходу, і кого б Японія могла найняти для цього завдання? Звичайно ж, ніндзя! Агентство розпочало свою діяльність на внутрішній території країни, але з часом розширило зону відповідальності на світовий рівень, і ніндзя почали займатися міжнародними питаннями, а чисельність співробітників досягла двадцяти тисяч. Один із нових членів команди - сімнадцятирічний Куро Кумогакуре, амбітний, але невдаха, готовий стати частиною цієї захисної структури, що охороняє країну від ворожих злочинців. Звучить переконливо, але Куро все ще навчається в старшій школі, тож він прийняв роботу в агентстві на неповний робочий день і має поєднувати її з навчанням і повсякденними турботами.