Серіал розповідає про сучасних піратів, які працюють у компанії під назвою "Чорна лагуна", що спеціалізується на доставці вантажів, часто нелегальних, по всьому Південно-Китайському морю. Дія розгортається в похмурому світі злочинності, що охоплює Таїланд, Філіппіни, Малайзію, Індонезію і навіть Японію, де яскраве сонце тропіків приховує темні таємниці. У цьому піратському місті, Роанапурі, східні мафіозні клани змагаються за владу, представляючи різні країни, включно з Китаєм, Італією, Колумбією і росією.