У другому сезоні серіалу починається новий етап, просто там, де завершився перший. Літні канікули добігають кінця, а більшість головних героїв готується до завершення шкільної освіти. Томоя Окадзакі зробив важливий вибір і тепер розділяє своє життя з Нагісою Фурукавою, сім'єю, яку він вважає справжнім дивом. Він знайшов у цьому новому сімейному оточенні те, чого йому так довго не вистачало в дитинстві та юності. Усвідомивши себе і відкрившись світові, Томоя тепер оточений не тільки своєю коханою та її близькими, а й усіма тими, кому він допоміг, приносячи добро і подарувавши частинку щастя.
Головні герої опанували мистецтво створення великої та дружної сім'ї, вміння любити й підтримувати одне одного. Але попереду на них чекають нові випробування, тому що світло не обходиться без тіні, добро не обходиться без зла, а щастя часто буває пов'язане з втратами. Якщо перший сезон "Кланнада" символізував весну і початок нового життя, то другий сезон переносить нас в осінь, з усією її красою і неминучим в'яненням, бо такий хід часу. Але у співпраці між Key і Kyoto Animation щороку сильніше звучить просте послання: магія віри, дружби і любові може перемогти навіть біль і втрати, перевернути сам час назад!