У другому сезоні масштаби серіалу розширюються, а сюжет стає складнішим. Розкривається грандіозний план корпорації Россам і наслідки технології імпринтингу. Еко разом з іншими персонажами бореться за знищення корпорації Россам, яка намагається використати технологію для контролю та маніпулювання світом. Зростає конфлікт між Ляльковим домом і групою повстанців, які мають намір зупинити зловісні плани корпорації. Подорож Еко стає центральним моментом у битві за майбутнє людства, а сезон досліджує глибокі філософські питання про ідентичність та етичність використання технологій.