Події розгортаються навколо Ріцуку Фудзімару, та напівслужницю Маш Кірілайт, які вирушають у небезпечну подорож до стародавнього міста Вавилон. Вони є частиною організації під назвою "Халдея", завданням якої є врятувати людство від вимирання, виправивши часову лінію та запобігши знищенню людства.
У Вавилонії вони стикаються з численними могутніми ворогами, відомими як "Звірі", а також з різними історичними та міфічними постатями, покликаними як Слуги. Вони створюють союзи з легендарними героями і вступають у запеклі битви, щоб захистити світ і відновити належний хід історії.