Алхімія полягає у перетворенні однієї речовини на іншу за принципом еквівалентного обміну. Едвард і Альфонс Елрік, сини відомого алхіміка, намагалися воскресити свою матір у віці 11 і 10 років відповідно. Спроба зазнала катастрофічного провалу: Едвард втратив ногу, а тіло Альфонса зникло. Едвард пожертвував своєю рукою, щоб прив'язати душу Альфонса до старого обладунку.
Озброєні металевими протезами кінцівок, брати приєднуються до армії, щоб отримати доступ до її величезних ресурсів. Їхня місія стає більш нагальною: відновити свої оригінальні тіла. Їхній ключ - невловимий філософський камінь, який, як вважається, скасовує правило рівного обміну. Але незабаром вони розуміють, що інші також шукають камінь, і це втягує їх у небезпечну подорож.