В одній країні Аместріс, у селі Різембург живуть два брати Едвард і Альфонс Елріки. Коли вони були маленькі, їх із матір'ю покинув батько. Але одного разу у них помирає і мати, і вони вирішують за допомогою алхімії воскресити її. Для цього вони детально вивчають записи, які залишилися після батька, про алхімію. І ось одного разу вони наважуються на експеримент, але на жаль, він провалюється і хлопці самі постраждали. У одного зникає нога, а другий і зовсім втрачає тіло, і щоб якось допомогти братові, другий жертвує рукою, щоб прив'язати душу брата до обладунків. І ось одного разу доля їх знайомить з Роєм Мустангом, який є алхіміком. І пропонує їм працювати в армії алхіміком.
Вони погоджуються, лише для того, щоб мати доступ до матеріалів з алхімії, в надії на те, що вони зможуть повернути, все що втратили. Але одного разу вони дізнаються про філософський камінь і починають його шукати. Ось тільки в цей час оголошується серійний вбивця, який полює на алхіміків. Дізнавшись про братів, він відкриває на них полювання. І з цієї миті братам доведеться пройти нелегкий шлях. Адже їм потрібно буде не тільки шукати філософський камінь, а й робити все можливе, щоб вижити. Адже за ними по п'ятах слідує мисливець, який хоче їх убити.