Події розгортаються в далекому майбутньому, де людство покинуло Землю і створило Галактичний Альянс для боротьби з хідеозе, загадковою інопланетною расою. Ледо, молодий солдат Галактичного Альянсу, є одним з елітних пілотів, який керує механічною машиною під назвою Machine Caliber. Під час вирішальної битви проти хідеозів, Ледо та його машинний калібр, Чембер, потрапляють у червоточину і переносяться у невідоме місце. Коли вони прокидаються, то виявляють, що опинилися на вкритій водою Землі, де люди живуть на великих флотах кораблів під назвою Ґарґантія. Ледо рятує Емі, весела та енергійна дівчина, яка працює кур'єром у флоті Ґарґантії.
Емі знайомить Ледо з людьми Гаргантії, які живуть у мирному та гармонійному суспільстві, що цінує співпрацю та співіснування. Він також дізнається, що хідеозе - не єдині вороги, які загрожують Землі, адже в глибинах океану та в небі над ним ховаються й інші небезпеки. Намагаючись знайти шлях назад на рідну планету, Ледо починає ставити під сумнів власні переконання та цінності, а також зближується з Емі та іншими мешканцями Ґарґантії.