У другому сезоні Майстер Чіф веде команду елітних бійців проти Ковенанту. Після шокуючих подій, що сталися на пустельній планеті, Джон-117 підозрює, що хід війни скоро зміниться. Головний герой має намір ризикнути всім, щоб довести правду, в яку ніхто не вірить: Ковенант збирається атакувати найбільшу цитадель людства. Галактика опиняється під загрозою знищення, а Джон вирушає на пошуки надзброї, яка може врятувати людство або остаточно його погубити.