У третьому, останньому сезоні Кіпо та її друзі стикаються з найбільшим викликом, протистоячи доктору Емілії та її армії модифікованих людей. Ставки вищі, ніж будь-коли, адже вони змагаються з часом, щоб запобігти катастрофі, яка може загрожувати як людям, так і німим істотам. Подорож Кіпо заходить на нове коло, коли вона намагається знайти спосіб принести мир і порозуміння у поверхневий світ.
У третьому сезоні досліджуються теми примирення та прощення, і він є задовільним завершенням історії Кіпо та всієї оповіді серіалу.